Naast een Wetenschappelijk Director en een Operationele Director, die samen de dagelijkse werking van het Klimaatcentrum coördineren, werd er ook een Stuurgroepcomité en een Bureau opgericht, bestaande
uit vertegenwoordigers van de federale wetenschappelijke instellingen, de universiteiten en onderzoekscentra, de privésector, een internationaal lid en de federale departementen (FOD Volksgezondheid en FOD Economie).

Daarnaast werd ook een Wetenschappelijk Comité opgericht om advies
te geven over de voorgestelde wetenschappelijke agenda.